腸生理症候群ですが、生理とは体のことで、神経系を除くすべての臓器です。神経系は腸心理症候群に入ります。それで、腸から血流を通してくる毒素の排出に際して、次のような症状をきたすようになります。
肺から毒素を排出するために、ぜんそく、その他の慢性的肺障害、皮膚からは：湿疹、赤み、かゆみ、その他、出たり引っ込んだりしてなんだかわからない皮膚疾患、尿からは：慢性膀胱炎、夜尿症、膣カンジダ症など。
なぜなら、尿道にも細菌叢があり、また、ギャグ層という少し複雑な名前のものがあります。これは粘膜を守る粘液の層です。しかし、腸から吸収されて血流にのる毒素は、尿に交じって排出されます。この膀胱に集められた毒素が入ってくると、
この粘膜を守る層が壊れて、尿をできるだけ早く排出しようとします。それでこの人は毒素のまじった尿を常に出すようになり、その粘膜も慢性的に損傷するようになり、この人は慢性膀胱炎になるのです。医者たちはどう治療してよいかわからないのです。急性膀胱炎は抗生剤を使いますが、慢性には抗生剤もステロイドも使えず、どうしてよいかわかりません。心身症とも言われて精神科に送られたりします。それが慢性膀胱炎になる道のりで、子供の場合は夜尿症です。また最近では夜尿の大人も増えています。普通恥ずかしくて誰にも言えないのです。何が起こるかというと、深い眠りに入ると、膀胱が集められた毒素を持ち続けることができなくなります。つまり、毒素があるために、持ち続けることで膀胱を損傷してしまうのです。そのとき目が覚めなければ、尿を出してしまいます。夜尿症は、ＧＡＰＳ栄養プロトコルを始めると、かなり早い段階で消失します。
また、毒素が粘膜を通して排出される場合、どの粘膜についても、通るとき、炎症が起き、副鼻腔炎、後鼻漏、鼻炎、歯肉炎、膣炎、下痢・便秘その他を引き起こします。
自己免疫も出てきます。全身的におきるので、免疫系も逃げられません。この人の自己免疫は、タンパク質とペプチド複合体が損傷した腸壁から吸収されることによって引き起こされます。自己免疫とはなんでしょう？体が自分の体の組織を攻撃するということです。分子模倣のためです。これはまずリューマチと連鎖球菌の研究から知られるようになりました。２０世紀初頭のことですが、連鎖球菌に感染すると、その菌の粘膜の分子が、心臓弁膜のコラーゲン質の粘膜と似ていることから、免疫系がのどで連鎖球菌に抗体を持つと、同時に心臓弁膜を攻撃するようになります。そしてリューマチになります。これが分子模倣、交差反応です。 
この地球上のものはすべて相互関連しています。私たちの体だけ孤立してはいないのです。私たちの体の器官は、バクテリアや、虫やライオンやネズミや・・・動物たちと多くが似ています。あなたの細胞が、あるタンパクを敵として認識したら、生涯、その認識が変わりません。その情報をＴ細胞の中に、生涯保持します。しかし、免疫系は、非常に複雑な器官で、まだ完全に研究が進んでいません。Ｔ細胞は多発性硬化症をおこし、ミエリンを壊しますし、また、１型糖尿病を起こしたりしますが、そういったＴ細胞を皆持っています。しかし、免疫系がよくバランスがとれていれば、そのようなことは起こりません。免疫系のバランスをとるのは腸内細菌叢です。それで、腸内細菌叢が異常となれば、免疫系もバランスを失い、食物、ウィルス、毒素など、何千というタンパク質の情報を覚えているＴ細胞が突然コントロールを失います。それで、突然多発性硬化症を発症します。Ｔ細胞がミエリンを攻撃するからです。自己免疫は腸内細菌叢からおきます。
免疫系が自己組織を攻撃する抗体をつくり、１型糖尿病では、すい臓細胞が攻撃されており、セリアック病では、小腸が攻撃されており、ＭＳ，自閉症、その他の神経的問題では、神経系が攻撃されており、しかも、攻撃を受けるのは一つの組織に限らないのです。同じような抗体が、自閉症、統合失調症、強迫神経症、そううつ病、の患者さんたちにみつかります。自己免疫の嵐が起きているのです。免疫系がバランスを失ったからです。
続けますと、自己免疫では、多発性硬化症、リューマチ性関節炎、１型糖尿病、セリアック病、骨関節炎、ろうそうなどがあります。また、あらゆる関節炎もそうです。自己免疫は深刻な病気です。それが深刻化する前に起こることは、腸壁から流れ出す多くの毒素がありますが、タンパク質のみではありません。たとえば、イースト菌の産生した毒素もあります。それが血流へ入ると、様々なタンパク質とくっつきます。それがコラーゲン分子のようになります。コラーゲンは、体をちゃんと形作るためのものです。コラーゲンがないと、体は地面に這いつくばります。コラーゲンのおかげでちゃんと立っていられるのです。そして、コラーゲン分子の破片が多くあります。毒素の多くは、コラーゲン分子に取りつくことが多いのです。取りつかれると、その三次元的な構造が変わります。そこに免疫系が来ると、「異物だ」と認識し、攻撃します。これも自己免疫のようなものです。完全な攻撃ではないにしても、関節などを痛めます。体が炎症をおこし、その部分を修復し、掃除して、毒素を取り除いても、しばらくたつと、他の関節が痛みます。そして、数日して治ったら、またしばらく後に他の関節が痛みます。これが移動性アルトロージャです（migratory artrogia と聞こえますが、辞書ひいても出てきません・・・訳注）。これらは腸壁からの毒素で引き起こされるのです
。同じように移動性の症状がおこります。コラーゲンは、体中にあるからです。ＭＥや繊維筋痛症, 慢性疲労、アレルギー、偏頭痛、その他の頭痛、慢性膀胱炎、皮膚疾患（乾癬、湿疹、など）もＧＡＰＳの症状です。
